從農業角度看，它的作用更為鮮明。它具有抗病、抗寒、抗旱、抗澇、促根、壯苗、增產、提質等多種功能，是解決當前土壤酸化、硬化、鹽堿化、連年病害的功能性肥料，植物藥害，也是解決短期施肥、治療無效和病蟲害問題的有效途徑。那么魚蛋白肥料在農業中有怎樣的應用呢？
1.營養
含小分子多肽、氨基酸、?；撬?、維生素等活性物質，還含鈣、鎂等微量元素。是作物追肥和養分補充的肥料。
2.魚蛋白肥料具有完整的特征
具有抗凍、抗旱、抗逆、營養補充、品質改良等特點。這是因為魚類蛋白質中含有大量的不飽和脂肪酸和多種功能因子結構，能夠有效抗寒，提高作物的抗凍性，促進作物在低溫下吸收養分。
3.可以疏松土壤，促進根系生長，促進花芽分化，防止果實脫落開裂，促進果實膨大，提高果實品質。它能活化土壤，提高土壤肥力和保水能力，防止氮、磷、鉀等元素流失，提高植物對化肥的利用率（可提高10%-30%）。因此，在不影響作物產量的前提下，適當減少化肥用量。
魚蛋白肥料施入土壤后，土壤中的有益微生物以魚蛋白等有機物為載體迅速繁殖，其活性可提高10倍，從而優化了土壤結構，提高了土壤的保肥保水能力連續使用一至幾年，可產生大量蚯蚓，使土壤疏松肥沃。土壤中很難利用的營養元素形態（慢效態）轉化為有效形態（快效態），增加土壤肥力。
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